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植原体感染前后毛泡桐叶绿体全基因组测序分析

摘要:以毛泡桐(Paulownia tomentosa)病苗(Pto)和健康苗(PtoI)为试验材料,利用高通量测序技术对染病前后毛泡桐的叶绿体全基因组进行测序,分析比较基因组结构。研究结果表明,毛泡桐病苗和健康苗的叶绿体基因组由反向重复区(IRs)、长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)等部分组成。其中,叶绿体基因组全长分别为154 700 bp(Pto)和154 646 bp(PtoI),IRs的长度为25 779 bp,LSC和SSC长度分别为85 356、17 786 bp(Pto)和85 356、17 732 bp(PtoI)。生物信息学分析表明,在Pto中共搜索到简单重复位点(SSR)64个,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸的数量分别为49、5、2、7、1个;PtoI中共有64个SSR位点,单核苷酸个数为49个,并未发现六核苷酸。大多数位点都富含A-T,具有碱基偏好性。

关键词:
  • 毛泡桐  
  • 高通量测序  
  • 叶绿体基因组  
  • 简单重复序列  
作者:
林丹; 李冰冰; 曹喜兵; 赵振利; 邓敏捷; 范国强
单位:
河南农业大学泡桐研究所; 河南郑州450002
刊名:
河南农业大学学报

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期刊名称:河南农业大学学报

河南农业大学学报紧跟学术前沿,紧贴读者,国内刊号为:41-1112/S。坚持指导性与实用性相结合的原则,创办于1960年,杂志在全国同类期刊中发行数量名列前茅。