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基于高通量测序技术的鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

摘要:为了筛选出一个或多个适宜研究环境DNA(environmental DNA,eDNA)的鱼类通用引物,本实验选取了5对引物,分别对鱼类线粒体细胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因、16SrDNA和细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段进行扩增。在对两个水样eDNA进行扩增后发现,引物CY45M和1634M均扩增出目的条带,且扩增产物质量适用于后续的高通量测序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均没有扩增出目的条带。继续对另外7个水样eDNA扩增后发现,引物CY45M和1634M在所有水样eDNA中均取得良好的扩增效果。对目的产物进行IlluminaMiseq测序后发现,引物CY45M和1634M扩增产物注释上的鱼类物种均为11种,二者获得的鱼类种类既存在差异也存在重复。综上所述,引物CY45M和1634M都可作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。

关键词:
  • 引物验证  
  • 环境dna  
  • 高通量测序  
  • 钱塘江  
作者:
张爱菊; 郝雅宾; 郭爱环; 刘金殿; 练青平; 周志明
单位:
浙江省淡水水产研究所; 中国水产科学研究院东海水产研究所浙江研究中心; 浙江省淡水水产遗传育种重点实验室; 农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室; 浙江湖州313001
刊名:
浙江农业学报

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期刊名称:浙江农业学报

浙江农业学报紧跟学术前沿,紧贴读者,国内刊号为:33-1151/S。坚持指导性与实用性相结合的原则,创办于1989年,杂志在全国同类期刊中发行数量名列前茅。