1.学术评价体系带来的压力和负面影响

学术期刊为智库提供重要的学术资源，是智库建设的重要支撑，但它们在评价机制上存在一些差别。首先，由于受期刊评价体系的影响，很多学术期刊过于偏重论文的引用率、转载率、影响因子等指标，导致“提高转载率”成了期刊工作的中心任务，由此很多学术期刊工作中心偏离了方向。学术期刊在组稿、用稿时会因考虑这些指标因素，有意择取那些宏观性、理论性强的稿件，而一些地方性强、转载率不高的文章往往得不到重视，对地方发展有指导意义的文章重视得不够。其次，智库要注重务实性，其擅长应用研究，更多的是考虑论文被政府、企业采纳；而学术期刊更重视理论研究，考虑更多的是文章的理论深度，现行评价体系没有对之予以充分的考虑和衡量。“一定意义上，现在进行的智库建设成果稍利于那些侧重发表政策性和现实性文章的期刊的发展,而对于大多数侧重于基础理论研究的学术期刊，稿源来源则会受到影响，因为基础研究所要投入的时间和精力可能更多，完成的周期也相对较长，时效性、实效性没那么强。”那么期刊发表智库的稿件就比较少，智库科研成果的发表会受到较大的影响。再次，智库作者群体普遍侧重于实际的应用，其相当部分的来稿规范性不够，编辑难度较大，很多智库专家的稿件很难入编辑的法眼。

2.同质化严重，产学研结合能力弱

首先，管理部门的科研量化和职称评定的负面影响，助成了急功近利的风气。期刊稿件来源狭窄，因为作者的主要目的是为了应对各类考核、评比和毕业答辩等硬性任务，所以当前学术期刊的作者来源大多是高校教师和在读研究生，期刊在为“福利”评奖、职称晋升、学生毕业等服务。中国不缺乏专家，但缺乏“有期刊梦的”作者，专家只管文章是否发表，不管期刊需要什么，“客观上限制了政府机关、企业、行业协会等的作者，作者群体较小，这种作者分布状况客观上制约了期刊广泛集合思想智慧的能力，未能满足智库建设所需知识资源的需求。”而且有的期刊因追逐经济利益，或者编辑把关不严等而带来平庸的关系稿、人情稿、领导稿等问题，期刊的学术质量也难以保证。其次，就综合性学术期刊而言，同质化现象较为普遍，出现低水平重复，弱化和异化了学术期刊的自身功能，其刊发的成果很难转化为智库生产政策咨询时的参考选项。相当一部分中国科技期刊逐渐丧失了对学术论文的选择性和淘汰性，成为单纯发文章的“园地”，而不是优秀科研成果和人才的“竞技场”，而且国际化水平较低，导致高水平科技学术论文大量外流。

3.期刊出版时滞较长，论文的时效性不强，影响了智库作者的投稿积极性

智库作者群体重在实际的应用，需要见效快，出的成果要求快速发表出来，而期刊的出版周期较长，大多是季刊、双月或者月刊；不但审核周期长，而且“三审制”在具体操作过程中易流于形式，执行不彻底。因没有建立起成熟的网络专家审稿流程与数据库，专家库的资源没能得到充分利用，审稿专家往往身兼多职也会导致审稿时滞过长。